SARS-CoV-2: Το DNA ως ασπίδα και αχίλλειος πτέρνα

Γιατί κάποιοι άνθρωποι που μολύνονται με τον νέο κορωνοϊό νοσούν βαριά ενώ άλλοι όχι; Πώς γίνεται νεαρά άτομα, χωρίς κανένα υποκείμενο νόσημα, να παλεύουν για τη ζωή τους μέσα στις Μονάδες Εντατικής Θεραπείας εξαιτίας της COVID-19 και κάποιες φορές να χάνουν τη μεγάλη μάχη όταν οι επιστήμονες αναφέρουν ότι οι νέοι σε γενικό πλαίσιο δεν κινδυνεύουν να νοσήσουν σοβαρά; Σε «καυτά» ερωτήματα σαν και αυτά που μας αφορούν όλους σε όποια γωνιά της Γης και αν ζούμε αφού ο ιός SARS-CoV-2 έχει ρίξει την εν δυνάμει δολοφονική «σκιά» του σε ολόκληρο τον κόσμο, ίσως οι απαντήσεις να κρύβονται… μέσα μας – για την ακρίβεια, στο γονιδίωμά μας που είναι τόσο μοναδικό όσο ο καθένας μας. Για να βρεθούν όμως τέτοιες δύσκολες απαντήσεις απαιτείται πολλή και εξονυχιστική δουλειά με συνεργασία πλήθους επιστημόνων.

Διεθνής κοινοπραξία

Ετσι συστάθηκε από τον περασμένο Μάρτιο μια διεθνής κοινοπραξία στην οποία συμμετέχουν περισσότεροι από 1.500 επιστήμονες από εκατοντάδες κέντρα όλων των ηπείρων – μεταξύ τους και Ελληνες, εκ των οποίων δύο, που κατέχουν νευραλγικό ρόλο στις αναλύσεις του τεράστιου αριθμού γονιδιωμάτων, μιλούν σήμερα στο ΒΗΜΑ-Science – με στόχο να αποκαλυφθούν τα γενετικά μυστικά που «θρέφουν» τον νέο κορωνοϊό και του επιτρέπουν να μετρά τόσα θύματα. Ονομάζεται κοινοπραξία COVID-19 HGI (Host Genetics Initiative) και μέσα σε μόλις επτά μήνες έχει ήδη προσφέρει πολύτιμη γνώση για τις ανθρώπινες γενετικές «αδυναμίες» που χαρίζουν δύναμη στον ιό. Η ανάλυση συνεχίζεται με αμείωτο ρυθμό περιλαμβάνοντας ολοένα και περισσότερα γενετικά δεδομένα και ανοίγοντας τον δρόμο για αποτελεσματικότερες θεραπείες και εμβόλια αλλά και για νέα διαγνωστικά τεστ που στο μέλλον εκτιμάται ότι θα δείχνουν ποια άτομα κινδυνεύουν λόγω του γενετικού προφίλ τους να ασθενήσουν βαριά εξαιτίας του SARS-CoV-2. Η COVID-19 HGI χαρίζει σημαντική ελπίδα ότι η δύναμη της γενετικής γνώσης θα συμβάλει καθοριστικά ώστε να καταστήσουμε το συντομότερο δυνατόν τον ιογενή εχθρό άκρως αδύναμο και τελικώς να τον κατατροπώσουμε.

Η κοινοπραξία COVID-19 HGI ανακοινώθηκε στις 16 του περασμένου Μαρτίου, σε μια περίοδο κατά την οποία το πρώτο πανδημικό κύμα μάς είχε ήδη «χτυπήσει την πόρτα» και οι χώρες η μια μετά την άλλη επέβαλλαν το απαγορευτικό νούμερο 1 προκειμένου να ανακόψουν την πορεία του… ασταμάτητου ιού. Σε αυτή συμμετέχουν κέντρα από πολλές χώρες που παρέχουν γενετικά δεδομένα από «θύματα» της πανδημίας. Στη συνέχεια άλλοι ερευνητές μετα-αναλύουν αυτά τα δεδομένα συγκρίνοντάς τα με υπάρχοντα γενετικά προφίλ εκατομμυρίων ανθρώπων τα οποία περιέχονται κατά κύριο λόγο σε βιοτράπεζες και βάσεις δεδομένων, με απώτερο στόχο να διερευνηθεί πώς το DNA ενός ατόμου μπορεί να επηρεάσει την πιθανότητα να αναπτύξει COVID-19 αλλά και πόσο βαριά κινδυνεύει αυτό το άτομο να ασθενήσει.

Αναλύσεις ευρείας σάρωσης

Γιατί κρίθηκε απαραίτητη η «ένωση» τόσων επιστημόνων; Διότι, όπως εξηγεί στο ΒΗΜΑ-Science η δρ Ειρήνη Μαρούλη, επίκουρη καθηγήτρια του Ερευνητικού Ινστιτούτου William Harvey της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Queen Mary στο Λονδίνο, «το να διερευνηθεί η πιθανή γενετική βάση της ποικιλομορφίας στον πληθυσμό σε ό,τι αφορά τη σοβαρότητα της νόσου COVID-19 είναι ένα τεράστιο έργο. Απαιτεί την αλληλούχιση του DNA πολλών ανθρώπων που προσβλήθηκαν από τον κορωνοϊό και τον έλεγχο της στατιστικής συσχέτισης της εκδήλωσης της νόσου με το γονιδίωμά τους. Για μια τέτοια ανάλυση όμως απαιτούνται δείγματα πολλών χιλιάδων ανθρώπων, κάτι που εν μέσω πανδημίας ήταν αδύνατον να επιτευχθεί από ένα μόνο κέντρο. Ετσι ξεκίνησε η κοινοπραξία COVID-19 HGI. Οι επιστήμονες κάθε ερευνητικού κέντρου που συμμετέχουν στην κοινοπραξία συλλέγουν δεδομένα και κάνουν αναλύσεις για δείγματα της χώρας τους, τα οποία στη συνέχεια μοιράζονται με την κοινοπραξία. Η κοινοπραξία έπειτα αναλύει τα δεδομένα συνολικά μεγιστοποιώντας το μέγεθος του δείγματος. Για την ακρίβεια, πραγματοποιούμε αναλύσεις ευρείας σάρωσης του γονιδιώματος (Genome Wide Association Studies, GWAS), μέσω των οποίων συγκρίνεται η γενετική ποικιλομορφία μεταξύ ατόμων που κατατάσσονται σε ομάδα μελέτης (ασθενείς), δηλαδή ατόμων που νοσηλεύονται και έχουν θετικό τεστ για τον ιό SARS-CoV-2, με άτομα που κατατάσσονται σε ομάδα ελέγχου (μάρτυρες) – άτομα από τον γενικό πληθυσμό που δεν έχουν θετικό τεστ για τον κορωνοϊό. Με αυτόν τον τρόπο η έρευνα προχωρά πολύ πιο γρήγορα καθώς οι επιστήμονες από όλο τον κόσμο δουλεύουν μαζί με έναν κοινό σκοπό».

Στόχος όμως της COVID-19 HGI δεν είναι μόνο η ανταλλαγή δεδομένων αλλά και η διάδοση των αποτελεσμάτων στο ευρύ κοινό, αναφέρει ο έτερος έλληνας επιστήμονας της κοινοπραξίας που μας μιλάει, δρ Αθανάσιος Κουσαθανάς, γενετιστής, μέλος της ερευνητικής ομάδας Βιοπληροφορικής της Genomics England. «Σε τακτά χρονικά διαστήματα λαμβάνει χώρα διαδικτυακά ένα μίνι συνέδριο/συνάντηση όπου επιστήμονες παρουσιάζουν τα αποτελέσματά τους στην κοινοπραξία. Επίσης η κοινοπραξία εκδίδει τακτικά περιληπτικές αναφορές των αποτελεσμάτων και αυτές μεταφράζονται εθελοντικά από τους συμμετέχοντες ερευνητές σε δεκάδες γλώσσες – και στα ελληνικά».

Τα πρώτα ευρήματα

Η επιστημονική «σκαπάνη» έχει ήδη αποκαλύψει γενετικούς «θησαυρούς», παρότι το τεράστιο αυτό πρόγραμμα βρίσκεται σε εξέλιξη και αρκετές ομάδες δεν έχουν ακόμη παράσχει δεδομένα (ανάμεσά τους και αυτή της Ελλάδας). Οπως μας πληροφορεί η δρ Μαρούλη, από τις 220 καταγεγραμμένες ομάδες, 36 από 16 χώρες έχουν προσφέρει ως τώρα στοιχεία (ποσοστό 15%). Εχει δοθεί τώρα νέα καταληκτική ημερομηνία για παροχή δεδομένων ως τα μέσα Δεκεμβρίου και μαθαίνουμε ότι η χώρα μας αναμένεται να παράσχει στοιχεία πιθανώς και μέσα στην επόμενη εβδομάδα.

Τι έχει αποκαλυφθεί λοιπόν ως τώρα με βάση ανάλυση που αφορά 9.000 δείγματα ασθενών νοσηλευόμενων με σοβαρή COVID-19 και σύγκρισή τους με στοιχεία που αφορούν περί τα 1,8 εκατομμύρια μάρτυρες; Κατ’ αρχάς ότι υπάρχει ισχυρή στατιστική συσχέτιση τουλάχιστον ενός γενετικού τόπου στο χρωμόσωμα 3 του DNA με τη σοβαρότητα των συμπτωμάτων της νόσου που προκαλεί ο νέος κορωνοϊός. Σε αυτόν τον γενετικό τόπο υπάρχουν γονίδια που ελέγχουν την κίνηση των κυττάρων του ανοσοποιητικού μας συστήματος και γονίδια που σχετίζονται με την είσοδο του νέου κορωνοϊού στα κύτταρα. Για παράδειγμα, σημειώνει η δρ Μαρούλη, υπάρχουν κάποια ενδιαφέροντα υποψήφια γονίδια που σχετίζονται με χημειοκίνες στη συγκεκριμένη περιοχή, όπως τα CXCR6 και CCR1. Οι χημειοκίνες ελέγχουν την κίνηση των κυττάρων του ανοσοποιητικού μας συστήματος και είναι κρίσιμες για τη σωστή λειτουργία του έμφυτου (φυσικού) ανοσοποιητικού συστήματος. Ενα άλλο γονίδιο, το SLC6A20, βρίσκεται επίσης σε αυτή την περιοχή και είναι υπεύθυνο για την παραγωγή μιας πρωτεΐνης, η οποία είναι γνωστό ότι σχετίζεται με το γονίδιο ACE2. «Η πρωτεΐνη ACE2 είναι σαν μια πόρτα που χρησιμοποιεί ο ιός SARS-CoV-2 για να εισέλθει στα κύτταρά μας. Κάτι τέτοιο σημαίνει ότι γενετική ποικιλομορφία στο SLC6A20 θα μπορούσε να επηρεάζει την είσοδο του ιού. Επιπλέον αναλύσεις είναι ωστόσο απαραίτητες για την επιβεβαίωση των πρώτων αυτών ευρημάτων» υπογραμμίζει η ερευνήτρια. Ο δρ Κουσαθανάς συμπληρώνει ότι «προς το παρόν δεν έχει διαλευκανθεί ο ακριβής βιολογικός μηχανισμός μέσω του οποίου η γενετική ποικιλομορφία στο χρωμόσωμα 3 σχετίζεται με τα συμπτώματα του νέου κορωνοϊού. Η έρευνα όμως προχωρά και υπάρχουν προοπτικές για διαγνωστικές εφαρμογές αλλά και θεραπείες βάσει της καλύτερης κατανόησης αυτής της συσχέτισης».

Ανάγκη διεύρυνσης

Επιπλέον, τα τελευταία στοιχεία της μετα-ανάλυσης, τα οποία εξήχθησαν πριν από μόλις μερικές ημέρες και αφορούν γενετικά δεδομένα που αναλύθηκαν ως και τα τέλη Οκτωβρίου, δείχνουν συνολικά εννέα υποψήφια γονίδια σε ολόκληρο το γονιδίωμα που πιθανώς σχετίζονται με προδιάθεση για σοβαρή νόσο. Η έρευνα συνεχίζεται ώστε μέσα από την ανάλυση περισσότερων δειγμάτων, τα οποία μάλιστα θα προέρχονται από διαφορετικούς πληθυσμούς διαφορετικών εθνοτήτων, να δημιουργηθεί μια ολοκληρωμένη εικόνα σχετικά με το γενετικό υπόβαθρο και την προδιάθεση για σοβαρή COVID-19. Διότι πράγματι για να συντεθεί το «γονιδιακό παζλ» της προδιάθεσης απαιτούνται στοιχεία που θα καλύπτουν μια μεγάλη γκάμα εθνοτήτων, και αυτή τη στιγμή οι περισσότερες διαθέσιμες βάσεις δεδομένων έχουν ένα συγκεκριμένο περιορισμένο προφίλ: περιλαμβάνουν στη συντριπτική πλειονότητά τους λευκούς της καυκάσιας φυλής, γεγονός, όπως καταλαβαίνετε, άκρως περιοριστικό για να αποκαλυφθεί η γενετική «βεντάλια» της προδιάθεσης σε όλους τους πληθυσμούς. Τώρα, επισημαίνει η δρ Μαρούλη, «η συνεργασία με κέντρα σε όλες τις ηπείρους αναμένεται να συνθέσει μια πολύ πιο ολοκληρωμένη εικόνα για την πιθανή γενετική προδιάθεση διαφορετικών πληθυσμών στον νέο κορωνοϊό, γεγονός σημαντικό προς την κατεύθυνση της πρόγνωσης και θεραπείας της COVID-19».

Ομάδες αίματος και νόσος COVID-19

Κατά τρίτον, από τη μέχρι στιγμής ευρεία γενετική ανάλυση δεν φαίνεται ότι ο τύπος αίματος σχετίζεται με τη νόσο COVID-19, κάτι που έχει προταθεί από προηγούμενες μελέτες – συγκεκριμένα, με βάση τις μελέτες αυτές είχε προκύψει ότι η ομάδα αίματος Α σχετίζεται με υψηλότερο κίνδυνο για σοβαρή COVID-19 ενώ η ομάδα Ο είναι προστατευτική. Για την ακρίβεια, πρόσφατο άρθρο που δημοσιεύθηκε στην επιθεώρηση New England Journal of Medicine (NEJM) και το οποίο βασίστηκε σε ανάλυση γενετικής συσχέτισης για σοβαρή εκδήλωση COVID-19 (π.χ. νοσηλεία με αναπνευστική ανεπάρκεια) σε 1.980 άτομα από την Ιταλία και την Ισπανία είχε δείξει ότι το γονίδιο της ομάδας αίματος ΑΒΟ στο χρωμόσωμα 9 φαίνεται να σχετίζεται στατιστικά σημαντικά με τη νόσο COVID-19 – τα ευρήματα αυτά επαληθεύθηκαν και από άλλη μελέτη της εταιρείας γενωμικής ανάλυσης και βιοτεχνολογίας 23andMe. Ωστόσο νέα ανάλυση του COVID-19 HGI, η οποία μάλιστα συμπεριέλαβε δεδομένα από τη μελέτη στο NEJM, δεν έδειξε συσχέτιση του γονιδίου της ομάδας αίματος ΑΒΟ με τη σοβαρή COVID-19. Σε κάθε περίπτωση οι δύο έλληνες ερευνητές τονίζουν ότι «χρειαζόμαστε μεγαλύτερο δείγμα για να διευκρινίσουμε αν αυτή η περιοχή του γονιδιώματος σχετίζεται με τη νόσο COVID-19».

Αυτό το μεγαλύτερο δείγμα αποτελεί και το «κλειδί» για πιο ακριβή συμπεράσματα, επαναλαμβάνουν συνεχώς οι δύο επιστήμονες. «Παρόλο που διαθεσιμότητα μεγαλύτερου δείγματος δυστυχώς σημαίνει ότι περισσότεροι άνθρωποι έχουν μολυνθεί με SARS-CoV-2, ταυτόχρονα όμως βελτιώνει την ικανότητά μας να βρούμε συσχετίσεις μεταξύ της γενετικής του ξενιστή και της νόσου COVID-19.

Μόνο έτσι, έχοντας δηλαδή όσο μεγαλύτερο αριθμό δειγμάτων γίνεται στα χέρια μας, μπορούμε να κάνουμε σωστά τη δουλειά του γενετικού “ντετέκτιβ”, με την ελπίδα ότι τα ευρήματά μας θα μπορέσουν να οδηγήσουν σε καλύτερη κλινική διαχείριση ασθενών με COVID-19 ή σε θεραπείες για τη νόσο».
Διότι πράγματι, οι εκτεταμένες αυτές γενετικές «σαρώσεις» μπορούν να έχουν… σαρωτική επίδραση στην κλινική πράξη. Ο δρ Κουσαθανάς περιγράφει ότι «τα ευρήματά μας μπορούν να οδηγήσουν σε καλύτερα διαγνωστικά τεστ, τα οποία λαμβάνοντας υπόψη το γενετικό υπόβαθρο θα δείχνουν πιο εύκολα τις ευπαθείς ομάδες για σοβαρή νόσηση με COVID-19. Αλλά και σε ό,τι αφορά το εμβόλιο, η γενετική γνώση που θα προκύψει θα προσφέρει πολύτιμα στοιχεία σχετικά με το σε ποιες εθνοτικές ομάδες πιθανώς να μην είναι αποτελεσματικό ένα εμβόλιο ώστε να γίνουν τροποποιήσεις του. Παράλληλα στη μεγάλη συζήτηση σχετικά με το ποιες ομάδες του πληθυσμού πρέπει να έχουν προτεραιότητα ως πιο ευάλωτες για λήψη του εμβολίου, ίσως η γενετική μπορεί να προσφέρει χείρα βοηθείας δείχνοντας τα επιρρεπή γενετικώς άτομα για σοβαρή νόσο, τα οποία και θα πρέπει να βρίσκονται ψηλά στη λίστα για χορήγηση του εμβολίου κατά προτεραιότητα. Επίσης αν ο ιός καταστεί ενδημικός, όπως συμβαίνει με τον ιό της γρίπης, τα γενετικά αυτά αποτελέσματα θα μπορούσαν να συμβάλουν στην παρασκευή του ετήσιου εμβολίου εναντίον του ώστε να είναι πιο αποτελεσματικό».
Πλήθος πιθανών εφαρμογών με αντίκτυπο στον καθένα μας μπορεί να έχει λοιπόν το τεράστιο αυτό ερευνητικό έργο που συσπειρώνει τις παγκόσμιες επιστημονικές δυνάμεις ώστε μέσω της αποκάλυψης των γενετικών «τρωτών» σημείων μας να μας χαρίσει δύναμη προκειμένου να βρούμε την «αχίλλειο πτέρνα» του ιού και να τον νικήσουμε. Η συνέχισή του αποτελεί ένα «δυνατό χαρτί» στην παγκόσμια ερευνητική μάχη ενάντια στον ιογενή εχθρό των ημερών μας.

Η ελληνική συμβολή στην κοινοπραξία

Αθανάσιος Κουσαθανάς
Μελετά τη γενετική προδιάθεση για την προσβολή από τον ιό

Ο δρ Αθανάσιος Κουσαθανάς είναι ερευνητής γενετιστής, μέλος της ερευνητικής ομάδας Βιοπληροφορικής της Genomics England με επικεφαλής τον δρα Λουκά Μουτσιανά, αναπληρωτή καθηγητή του Πανεπιστημίου Queen Mary στο Λονδίνο. Η Genomics England είναι εταιρεία και ερευνητικός φορέας που ανήκει στο υπουργείο Υγείας του Ηνωμένου Βασιλείου. Στο πλαίσιο της έρευνας για τον νέο κορωνοϊό ο δρ Κουσαθανάς συνδέει τα υπάρχοντα γενετικά δεδομένα της Genomics England με τεστ κορωνοϊού που παράγονται από το Εθνικό Σύστημα Υγείας της Βρετανίας προκειμένου να μελετήσει αν υπάρχει γενετική προδιάθεση για την προσβολή κάποιων ανθρώπων από τον ιό και μοιράζεται τα αποτελέσματα αυτής της ανάλυσης με την κοινοπραξία HGI. Επίσης η Genomics England, σε συνεργασία με μια άλλη κοινοπραξία, το Genomicc consortium, έχει αναλάβει την αλληλούχιση του γονιδιώματος 35.000 ανθρώπων που προσβλήθηκαν από τον SARS-CoV-2 και έχουν είτε πολύ βαριά συμπτώματα ώστε να χρειάζονται νοσηλεία είτε ελαφρά συμπτώματα. Η σύγκριση των γονιδιωμάτων μεταξύ των ασθενών με ελαφρά και βαριά συμπτώματα καθώς και με υγιείς ανθρώπους αναμένεται να αποκαλύψει τους γενετικούς τόπους στο DNA που σχετίζονται με αυτή την ποικιλία συμπτωμάτων και να βοηθήσει στην πρόγνωση και τη θεραπεία των πιο ευπαθών ασθενών. Μέχρι τώρα τα αποτελέσματα των Genomicc-Genomics England – τα οποία αποτελούν μεγάλο ποσοστό των δειγμάτων στη μετα-ανάλυση ΗGI – συμφωνούν σε μεγάλο βαθμό με τα αποτελέσματα του HGI (με ανεξάρτητη ανάλυση) και συγκεκριμένα σε ό,τι αφορά τα γονίδια στο χρωμόσωμα 3.

Ειρήνη Μαρούλη
Ρίχνει φως στη συσχέτιση του νέου κορωνοϊού με συννοσηρότητες

Η δρ Ειρήνη Μαρούλη είναι επίκουρη καθηγήτρια του Ερευνητικού Ινστιτούτου William Harvey της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Queen Mary στο Λονδίνο με αντικείμενο τη γενετική του ανθρώπου, τη βιοπληροφορική και τη βιοστατιστική και με σκοπό την καλύτερη κατανόηση των βιολογικών μηχανισμών και της πρόγνωσης νοσημάτων. Σε συνεργασία με τον καθηγητή Παναγιώτη Δελούκα, διευθυντή του Ερευνητικού Ινστιτούτου William Harvey της Ιατρικής Σχολής του Queen Mary και την κυρία Αρετή Παπαδοπούλου, υποψήφια διδάκτορα στο Queen Mary, μελετά τη συσχέτιση της σοβαρότητας εκδήλωσης της νόσου που προκαλεί ο νέος κορωνοϊός με άλλα νοσήματα και βιολογικούς δείκτες. Ο εντοπισμός ατόμων με αυξημένη γενετική προδιάθεση για εκδήλωση σοβαρής νόσου μετά από μόλυνση με τον SARS-CoV-2 σε συνδυασμό με την παρουσία γενετικής προδιάθεσης για άλλα νοσήματα θα μπορούσε να βοηθήσει σημαντικά στον εντοπισμό ομάδων ατόμων αυξημένου κινδύνου που μπορεί να χρήζουν περαιτέρω προφύλαξης. Μερικά από τα μέχρι στιγμής ευρήματα της ομάδας του Queen Mary κατευθύνουν σε πιθανούς βιολογικούς μηχανισμούς, συμπεριλαμβανομένων συσχετίσεων που αφορούν τη λειτουργία των πνευμόνων. Επιπλέον οι ερευνητές μελετούν τη σχέση αιτίου-αιτιατού ανάμεσα σε πιθανούς παράγοντες κινδύνου και την αυξημένη πιθανότητα μόλυνσης ή και σοβαρής εκδήλωσης της νόσου μετά από μόλυνση με τον νέο κορωνοϊό. Αυτές οι προσπάθειες μπορούν να συνεισφέρουν στον εντοπισμό ομάδων ατόμων υψηλού κινδύνου για σοβαρή εκδήλωση COVID-19 καθώς και παραγόντων, όπως για παράδειγμα το βάρος, στους οποίους, αν πραγματοποιηθεί παρέμβαση, μπορεί να έχουν προστατευτικό ρόλο, οδηγώντας τελικώς σε νέους δρόμους για εξατομικευμένη προφύλαξη και θεραπεία.

Η ταυτότητα των στελεχών του ιού στην Ελλάδα

Η χώρα μας συμμετέχει στη σημαντική διεθνή κοινοπραξία COVID-19 HGI μελετώντας ιικά γονιδιώματα, ωστόσο μέχρι στιγμής δεν έχει παράσχει δεδομένα προς μετα-ανάλυση. Αναζητώντας το γιατί απευθυνθήκαμε στον πρόεδρο του Επιστημονικού Συμβουλίου του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (ΙΙΒΕΑΑ) και εκπρόσωπο στην κοινοπραξία για τη γονιδιωματική ανάλυση του νέου κορωνοϊού κ. Δημήτρη Θάνο (σημειώνεται ότι από τη χώρα μας συμμετέχουν επίσης στην κοινοπραξία ο κ. Βασίλης Γοργούλης, καθηγητής και διευθυντής στο Εργαστήριο Ιστολογίας – Εμβρυολογίας της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, ο κ. Κώστας Σταματόπουλος, διευθυντής του Ινστιτούτου Εφαρμοσμένων Βιοεπιστημών στο Εθνικό Κέντρο Ερευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης-ΕΚΕΤΑ στη Θεσσαλονίκη, καθώς και ο καθηγητής Γενετικής στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου της Γενεύης κ. Μανώλης Δερμιτζάκης).

Οπως μας είπε ο κ. Θάνος, «η αλληλούχιση καθυστέρησε επί περίπου τέσσερις μήνες στη χώρα μας καθώς υπήρχε αναβολή και δυσκολία στην προώθηση δειγμάτων από τον Εθνικό Οργανισμό Δημόσιας Υγείας (ΕΟΔΥ) προς τα τρία κύρια Εργαστήρια της “Εμβληματικής Δράσης για την Επιδημιολογική Μελέτη του SARS-CoV-2” – το Εργαστήριο του ΙΙΒΕΑΑ, το Εργαστήριο Ιστολογίας-Εμβρυολογίας του ΕΚΠΑ και το Εργαστήριο του ΕΚΕΤΑ, καθώς και κάποια συνεργαζόμενα περιφερειακά εργαστήρια. Τελικώς σε νόμο που θέσπισε η Πολιτεία στις 30 Ιουλίου (47/12 του 2020, άρθρο 77) περιελήφθησαν ρυθμίσεις που έλυσαν τα χέρια της Εμβληματικής Δράσης καθώς επέτρεψαν την πρόσβαση των επιστημόνων της στα ιατρικά αρχεία των μολυσμένων με νέο κορωνοϊό ατόμων, ενώ παράλληλα επέβαλαν τα Κέντρα Αναφοράς για τον νέο κορωνοϊό να αποστέλλουν τα θετικά δείγματα στα Εργαστήριά της. Ορίστηκαν επίσης, με βάση τον νέο νόμο, τα τρία κύρια Εργαστήρια της Εμβληματικής Δράσης ως Διαγνωστικά Εργαστήρια για τον νέο κορωνοϊό, γεγονός που στην πράξη σημαίνει ότι μπορούν να διεξάγουν εξετάσεις για τον ιό και να κρατούν τα δείγματα για περαιτέρω ανάλυση». Κατόπιν τούτου συνήφθη σύμβαση με τον ΕΟΔΥ στα τέλη Αυγούστου και το Εργαστήριο του ΙΙΒΕΑΑ διεξάγει από τις αρχές Σεπτεμβρίου την ανάλυση όλων των δειγμάτων της Α’ Υγειονομικής Περιφέρειας της Αθήνας. «Και τα τρία Εργαστήρια της Εμβληματικής Δράσης από την 1η Σεπτεμβρίου ως σήμερα έχουν διεξαγάγει περί τις 120.000 εξετάσεις και μάλιστα με εγχώρια αντιδραστήρια, γεγονός άκρως σημαντικό για τη χώρα».

Η αλληλούχιση των ιικών γονιδιωμάτων

Με βάση τη διαθέσιμη πλέον «μαγιά» των δειγμάτων ξεκίνησε και η αλληλούχιση και, σύμφωνα με τον κ. Θάνο, πιθανώς ακόμη και μέσα στην επόμενη εβδομάδα θα σταλούν περί τα 1.000 δείγματα προς την κοινοπραξία COVID-19 HGI για μετα-ανάλυση. Ηδη όμως η αλληλούχιση των ιικών γονιδιωμάτων έχει αποκαλύψει σημαντικές πληροφορίες για την πορεία της πανδημίας στη χώρα μας.
Στο πλαίσιο της υλοποίησης της Εμβληματικής Δράσης για τον νέο κορωνοϊό, το ΙΙΒΕΑΑ έχει έως σήμερα πραγματοποιήσει την αλληλούχιση 305 ιικών γονιδιωμάτων που προέρχονται από θετικά κρούσματα του πρώτου κύματος της πανδημίας, ανέφερε ο κ. Θάνος. Τα δείγματα προέρχονται από ολόκληρη την ελληνική επικράτεια και πιο συγκεκριμένα από την Κρήτη, την Αλεξανδρούπολη, τη Λάρισα, την Πάτρα και την Αθήνα – εκκρεμούν τα αποτελέσματα της ανάλυσης δειγμάτων από τη Θεσσαλονίκη, η οποία ολοκληρώνεται στο αμέσως επόμενο διάστημα από το ΕΚΕΤΑ. «Η έως σήμερα ανάλυση του γονιδιώματος του SARS-CoV-2 από δείγματα του πρώτου κύματος καταδεικνύει μία σημαντικά περιορισμένη διασπορά του ιού στον ελλαδικό χώρο εντός των γεωγραφικών περιοχών ελέγχου. Πιο συγκεκριμένα, παρατηρήθηκε ότι σε γενικές γραμμές δείγματα που προέρχονταν από μια συγκεκριμένη περιοχή της χώρας παρουσίαζαν περισσότερες ομοιότητες μεταξύ τους παρά με δείγματα από άλλες περιοχές. Παραδείγματος χάριν, η σύγκριση των δειγμάτων της Λάρισας με όλα τα δείγματα της επικράτειας έδειξε ότι ήταν περισσότερο όμοια μεταξύ τους παρά με οποιοδήποτε άλλο δείγμα της επικράτειας. Το ίδιο ίσχυε και για τα δείγματα από τις υπόλοιπες περιοχές της χώρας. Αξίζει να τονισθεί ότι δείγματα που συνελέγησαν στην Αθήνα παρουσίαζαν ομοιότητες όχι μόνο μεταξύ τους αλλά και με δείγματα από τη Σερβία, τη Γερμανία και την Τσεχία. Συμπερασματικά, η έως σήμερα ανάλυση των δειγμάτων του πρώτου κύματος δείχνει ότι η περιορισμένη διασπορά του ιού στην χώρα μας πραγματοποιήθηκε κυρίως εντός των γεωγραφικών ζωνών και όχι μεταξύ αυτών, γεγονός που αποδεικνύει την επιτυχία του πρώτου lockdown».

Η εμφάνιση μεταλλάξεων του SARS-CoV-2

Η ανάλυση συνεχίζεται με δείγματα του δεύτερου κύματος της πανδημίας. Εως σήμερα έχει ολοκληρωθεί η ανάλυση 258 δειγμάτων από την Κρήτη και την Αθήνα. «Ενα κύριο χαρακτηριστικό του δεύτερου κύματος είναι η εμφάνιση μεταλλάξεων του SARS-CoV-2 οι οποίες έχουν διαδοθεί σε πολλές ευρωπαϊκές χώρες. Οι μεταλλάξεις αυτές (D614G, S477N, A222V, S98F και D80Y) τροποποιούν την πρωτεΐνη spike (ακίδα) του νέου κορωνοϊού και έχουν συνδεθεί (ιδιαιτέρως η D614G) με αυξημένη διασπορά του ιού στον πληθυσμό. Καμία από αυτές τις παραλλαγές του ιού δεν ανιχνεύθηκε σε δείγματα του πρώτου κύματος. Αντιθέτως, κορωνοϊοί με τις μεταλλαγές D614G, S477N και A222V ανιχνεύονται στον ελληνικό πληθυσμό κατά το δεύτερο κύμα της πανδημίας που διανύουμε, σε συμφωνία με την έξαρση της πανδημίας που βιώνουμε» κατέληξε ο κ. Θάνος.