Φθηνή αλλά αποτελεσματική μέθοδος παρακολουθεί τις αλλαγές στον κοροναϊό

Μια φτηνή μέθοδο για την παρακολούθηση της εξάπλωσης νέων παραλλαγών SARS-CoV-2 στον κόσμο, ανέπτυξαν ερευνητές του Karolinska Institutet στη Σουηδία.

Από την έναρξη της πανδημίας, χιλιάδες γονιδιώματα του ιού παρακολουθούνται με τη μέθοδο της γονιδιακής αλληλούχισης, προκειμένου να διαπιστώνουμε την εξέλιξη του κοροναϊού στην παγκόσμια εξάπλωσή του. Η διαδικασία αυτή είναι ιδιαίτερα σημαντική, προκειμένου να γνωρίζουμε τις μεταλλάξεις που δημιουργούν νέες παραλλαγές του ιού, να τις εντοπίζουμε και να διαπιστώνουμε αν είναι πιο μεταδοτικές, πιο παθογόνες ή αν είναι ανθεκτικές στα υπάρχοντα εμβόλια.

Για την παγκόσμια παρακολούθηση του γονιδιώματος του νέου κοροναϊού, είναι ζωτικής σημασίας η αλληλούχιση και ανάλυση πολλών δειγμάτων, με οικονομικά αποδοτικό τρόπο. Γι’ αυτό, ερευνητές στο εργαστήριο Bienko-Crosetto του Karolinska Institutet and Science for Life Laboratory (SciLifeLab) στη Σουηδία ανέπτυξαν μια νέα μέθοδο, που ονομάζεται COVseq και η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την επιτήρηση του γονιδιώματος του ιού σε μαζική κλίμακα, με χαμηλό κόστος.

Οι ερευνητές προχώρησαν σε σχετική δημοσίευση των ευρημάτων τους στο επιστημονικό περιοδικό Nature Communications.

Δημοσίευση

Κατ’ αρχήν, πολλά αντίγραφα του γονιδιώματος του ιού, δημιουργούνται χρησιμοποιώντας τη λεγόμενη πολλαπλή PCR (αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης). Στη συνέχεια μπαίνει σήμανση στα δείγματα, τα οποία συγκεντρώνονται στην «βιβλιοθήκη» αλληλουχιών, με τη χρήση μιας προηγούμενης μεθόδου που αναπτύχθηκε στο εργαστήριο Bienko-Crosetto και το οποίο έχει προσαρμοστεί για αναλύσεις του SARS-CoV-2.

«Με την εκτέλεση αντιδράσεων σε πολύ μικρές ποσότητες και τη συγκέντρωση εκτατοντάδων δειγμάτων στην ίδια «βιβλιοθήκη» αλληλουχιών, μπορούμε να αλληλουχίσουμε δυνητικά χιλιάδες γονιδιώματα του ιού την εβδομάδα, με κόστος μικρότερο από 15 δολάρια ανά δείγμα», λέει ο Ning Zhang, μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Τμήμα Ιατρικής Βιοχημείας και Βιοφυσικής του Karolinska Institutet και πρώτος συγγραφέας μαζί με τους διδακτορικούς φοιτητές Michele Simonetti και Luuk Harbers από το ίδιο τμήμα.

Συγκριτικές αναλύσεις 29 θετικών δειγμάτων SARS-CoV-2 αποκάλυψαν ότι το COVseq είχε παρόμοια ικανότητα με την τυπική μέθοδο για τον εντοπισμό μικρών αλλαγών στο γονιδίωμα. Οι αναλύσεις 245 πρόσθετων δειγμάτων έδειξαν ότι το COVseq είχε επίσης υψηλή ικανότητα να ανιχνεύει αναδυόμενες παραλλαγές κοροναϊού που ενδέχεται να ανησυχούν. Το βασικό πλεονέκτημα του COVseq έναντι των υπαρχουσών μεθόδων είναι η αποδοτικότητά του, σε σύγκριση με το κόστος.

«Η φθηνή μας μέθοδος θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί άμεσα για τη παρακολούθηση του γονιδιώματος του νέου κοροναϊού από τις υπηρεσίες δημόσιας υγείας και θα μπορούσε επίσης να προσαρμοστεί εύκολα για την παρακολούθηση και άλλων ιών RNA, όπως οι ιοί της γρίπης και του δάγκειου πυρετού», λέει ο Nicola Crosetto, ερευνητής επικεφαλής του τμήματος Ιατρικής Βιοχημείας και Βιοφυσικής του Karolinska Institutet και εποπτεύων συγγραφέας της μελέτης.

Η μελέτη πραγματοποιήθηκε σε συνεργασία με ερευνητές από το Νοσοκομείο «Amedeo di Savoia» και το Ινστιτούτο Καρκίνου Candiolo του Τορίνο της Ιταλίας. Η έρευνα υποστηρίχθηκε από επιχορηγήσεις από το εθνικό ερευνητικό πρόγραμμα SciLifeLab COVID-19 και από το Σουηδικό Ίδρυμα Στρατηγικής Έρευνας, χρηματοδοτήθηκε από το Ίδρυμα Knut και Alice Wallenberg, ενώ δέχθηκε και δωρεές από τις εταιρείες Chiesi Pharma AB και Tetra Pak AB.