Έλεγχος των παραλλαγών του κοροναϊού, μαζικά και οικονομικά

Μια νέα τεχνολογία, επιτρέπει την φθηνή και μαζική παρακολούθηση της εξάπλωσης των νέων παραλλαγών του κοροναϊού.

Η τεχνολογία που αναπτύχθηκε από τους ερευνητές στο Ινστιτούτο Καρολίνσκα στη Σουηδία παρουσιάστηκε στο επιστημονικό περιοδικό Nature Communications.

Από την έναρξη της πανδημίας, έχει γίνει αλληλούχιση σε χιλιάδες γονιδιώματα του ιού να προσδιοριστεί η εξέλιξη και η εξάπλωση του κοροναϊού, παγκόσμια. Η αλληλούχιση είναι σημαντική για τον εντοπισμό ιδιαίτερα ανησυχητικών παραλλαγών που είναι πιο μεταδοτικές, παθογόνες ή ανθεκτικές στα υπάρχοντα εμβόλια.

Για την παγκόσμια παρακολούθηση του γονιδιώματος του κοροναϊού, είναι ζωτικής σημασίας η αλληλουχία και η ανάλυση πολλών δειγμάτων με οικονομικά αποδοτικό τρόπο. Γι΄ αυτό, ερευνητές στο εργαστήριο Μπιένκο – Κροσέτο στο Ινστιτούτο Καρολίνσκα and στο εργαστήριο Science for Life Laboratory (SciLifeLab) στη Σουηδία ανέπτυξαν μια νέα μέθοδο, που ονομάζεται COVseq, και η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την αλληλούχιση του γονιδιώματος του ιού σε μαζική κλίμακα με χαμηλό κόστος.

Πρώτον, πολλά αντίγραφα του γονιδιώματος του ιού δημιουργούνται χρησιμοποιώντας τη λεγόμενη πολλαπλή PCR (αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης). Τα δείγματα στη συνέχεια επισημαίνονται και συγκεντρώνονται μαζί στην ίδια «βιβλιοθήκη αλληλουχίας», χρησιμοποιώντας μια προηγούμενη μέθοδο που αναπτύχθηκε στο εργαστήριο Μπιένκο – Κροσέτο και τώρα προσαρμόστηκε για ανάλυση του κοροναϊού.

«Εκτελώντας αντιδράσεις σε πολύ μικρές ποσότητες και συγκεντρώνοντας εκατοντάδες δείγματα στην ίδια βιβλιοθήκη αλληλουχίας, μπορούμε να ακολουθήσουμε δυνητικά χιλιάδες γονιδιώματα του ιού, την εβδομάδα, με κόστος μικρότερο από 15 δολάρια ανά δείγμα», λέει ο Νίνγκ Ζανγκ, μεταδιδακτορικός ερευνητής στο Τμήμα Ιατρικής Βιοχημείας και Βιοφυσικής του Ινστιτούτου Καρολίνσκα και συγγραφέας μαζί με τους διδάκτορες Μισέλ Σιμονέτι και Λουκ Χάρμπερς στο ίδιο τμήμα.

Συγκριτικές αναλύσεις 29 θετικών δειγμάτων κοροναϊού αποκάλυψαν ότι το COVseq είχε παρόμοια ικανότητα με την τυπική μέθοδο για τον εντοπισμό μικρών αλλαγών στο γονιδίωμα. Οι αναλύσεις 245 πρόσθετων δειγμάτων έδειξαν ότι είχε επίσης υψηλή ικανότητα να ανιχνεύει επερχόμενες παραλλαγές κοροναϊού δυνητικής ανησυχίας. Το βασικό πλεονέκτημα του τεστ έναντι των υφιστάμενων μεθόδων είναι η οικονομική αποδοτικότητα. «Η φθηνή μας μέθοδος θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί αμέσως για τη γονιδιωματική επιτήρηση του κοροναϊού από τις δημόσιες υπηρεσίες υγείας και θα μπορούσε επίσης να προσαρμοστεί εύκολα σε άλλους ιούς RNA, όπως τους ιούς της γρίπης και του δάγκειου πυρετού», λέει ο Νικόλα Κροσέτο, ανώτερος ερευνητής στο Τμήμα Ιατρικής Βιοχημείας και Βιοφυσικής του Ινστιτούτου Καρολίνσκα και εποπτεύων συγγραφέας της εργασίας.