Μέχρι το 2020, οι επιστήμονες είχαν καταφέρει να προσδιορίσουν τη δομή μόλις 170.000 πρωτεϊνών, μορίων που έχουν κρίσιμη σημασία στην ιατρική και τη βιολογία. Τώρα, όμως, έχουν στη διάθεσή τους τις δομές σχεδόν όλων των πρωτεϊνών που γνωρίζει η επιστήμη, πάνω από 200 εκατομμύρια μόρια για μια απεριόριστη ποικιλία εφαρμογών.
«Βρισκόμαστε στο ξεκίνημα μιας νέας εποχής για την ψηφιακή βιολογία» δήλωσε ο Ντέμις Χασάμπις, διευθύνων σύμβουλος της λονδρέζικης DeepMind, θυγατρικής της Google που ανέπτυξε το AlphaFold.
Τίποτα δεν λειτουργεί σωστά στα κύτταρα χωρίς τις πρωτεΐνες, μακριές αλυσίδες από αμινοξέα που αναδιπλώνονται σε περίπλοκα, τρισδιάστατα σχήματα. Το σχήμα κάθε πρωτεΐνης είναι αυτό που καθορίζει τον τρόπο που δρα, είτε πρόκειται για δομικές πρωτεΐνες είτε για ενζυματικές πρωτεΐνες που ρυθμίζουν τον μεταβολισμό.
Γι’ αυτό και η δυνατότητα πρόβλεψης της δομής τους αναμένεται να παίξει σημαντικό ρόλο στη βιολογία, τη βιοχημεία και τελικά την ανάπτυξη φαρμάκων και θεραπειών.
Μέχρι πρόσφατα όμως, η τρισδιάστατη δομή τους μπορούσε να υπολογιστεί μόνο με απαιτητικές και άκρως χρονοβόρες μεθόδους όπως η κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ και η κρυοηλεκτρονική μικροσκοπία, μέθοδοι που δεν δίνουν πάντα απαντήσεις.
Βάση δεδομένων της ζωής
Η DeepMind εξέπληξε πριν από δύο χρόνια την επιστημονική κοινότητα παρουσιάζοντας το AlphaFold, έναν αλγόριθμο που μαντεύει με ικανοποιητική ακρίβεια τη δομή των πρωτεϊνών γνωρίζοντας μόνο την αλληλουχία των αμινοξέων τους.
Η DeepMind συνεργάζεται τώρα με το Ευρωπαϊκό Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας (EMBL), το οποίο δημιούργησε τη βάση δεδομένων όπου καταχωρούνται οι τρισδιάστατες δομές.
Η βάση περιέχει πλέον 214 εκατομμύριο πρωτεΐνες από περίπου ένα εκατομμύριο οργανισμούς, σχεδόν όλα τα είδη που γνωρίζει σήμερα η βιολογία.
«Ουσιαστικά καλύπτει όλο το Σύμπαν των γνωστών πρωτεϊνών» δήλωσε ο Χασάμπις της DeepMind σε συνέντευξη Τύπου που παρακολούθησε ο δικτυακός τόπoς του Nature.
«Περιλαμβάνει τις προβλεπόμενες δομές για φυτά, βακτήρια, ζώα και πολλούς άλλους οργανισμούς».
«Οι προβλέψεις της δομής πρωτεϊνών που προσφέρει το AlphaFold χρησιμοποιούνται ήδη με μυριάδες τρόπους» πρόσθεσε η δρ Τζέιν Θόρντον του Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής του EMBL, το οποίο φιλοξενεί τη βάση δεδομένων.
«Πιστεύω πως αυτή η τελευταία ενημέρωση της βάσης θα οδηγήσει σε χιονοστιβάδα νέων και συναρπαστικών ανακαλύψεων, χάρη στο γεγονός ότι τα δεδομένα είναι ελεύθερα προσβάσιμα από όλους».
Ο όγκος των δεδομένων αυτών φτάνει ήδη τα 23 terabyte, θα συνεχίσει όμως να αυξάνεται καθώς ανακαλύπτονται νέα είδη.
Έξαλλοι Δημοκρατικοί και Ρεμπουμπλικανοί κατηγορούν μαζί με ειδικούς τον Έλον Μασκ, πως χρησιμοποιεί την πλατφόρμα Χ, ως «μεγάφωνο» της πολιτικής του απληστίας.
«Για γέλια» και «ασόβαρο» χαρακτήρισαν οι Δημοκρατικοί το κείμενο που κατατέθηκε από τους Ρεπουμπλικάνους για την αύξηση του ορίου του χρέους και την αποφυγή του shutdown στις ΗΠΑ.
Γυναικόπαιδα βρίσκονται για μια ακόμη φορά ανάμεσα στα θύματα των ισραηλινών επιδρομών σε σχολικά συγκροτήματα της Γάζας, στα οποία είχαν καταφύγει για την «προστασία» τους εκτοπισμένοι Παλαιστίνιοι.
Οι Ντόναλντ Τραμπ και Όλαφ Σολτς σε τηλεφωνική τους συνομιλία συμφώνησαν πως ο πόλεμος στην Ουκρανία πρέπει να τελειώσει για την παγκόσμια σταθερότητα.
Μιλώντας με τον Ελβετό ομόλογό του, ο Σεργκέι Λαβρόφ, επεξήγησε πως ο πόλεμος οφείλεται «στην επέκταση του ΝΑΤΟ προς ανατολάς» υπαινισσόμενος πως θα είναι στους όρους πιθανής ειρήνης.
Η Γάζα, μια περιοχή που μαστίζεται από χρόνια συγκρούσεων και αποκλεισμού, αντιμετωπίζει σοβαρούς περιορισμούς στις εισαγωγές, καθιστώντας την πρόσβαση σε φρέσκα προϊόντα όπως οι μπανάνες σπάνια για πολλές οικογένειες.
Πολλά θα έχουμε να θυμόμαστε από το 2024 που σε λίγες μέρες μας αποχαιρετά. Οι New York Times κάνουν μια μικρή αναδρομή στα γεγονότα που καθόρισαν τη χρονιά μέσα από φωτογραφίες.
Η ζωή του Στέλιου Καζαντζίδη, μέσα από τα μάτια του Γιώργου Τσεμπερόπουλου και με τον Χρήστο Μάστορα στον πρωταγωνιστικό ρόλο, είναι αυτή που ξεχωρίζει στις νέες ταινίες της εβδομάδας.
«46+Sexy» είναι ο τίτλος της νέας του παράστασης, ένα mix and match μουσικό, σατιρικό θέαμα, που έρχεται να σκανδαλίσει και να ταράξει τις ήσυχες Δευτέρες μας.
