Σάββατο 21 Δεκεμβρίου 2024
weather-icon 21o
Η Google του DNA – Νέα μηχανή αναζήτησης για τη γενετική πληροφορία

Η Google του DNA – Νέα μηχανή αναζήτησης για τη γενετική πληροφορία

Η νέα υπηρεσία αναζήτησης καλύπτει ήδη το το 10% των γνωστών αλληλουχιών DNA, RNA και πρωτεϊνών.

Ένα εργαλείο λογισμικού που λειτουργεί σαν την Google του DNA υπόσχεται να διευκολύνει δραστικά μια πληθώρα ερευνητικών προγραμμάτων, από την ταυτοποίηση νέων παθογόνων παραγόντων μέχρι την κατανόηση της γενετικής βάσης ασθενειών.

Το εργαλείο MetaGraph δημιούργησε ψηφιακά ευρετήρια που καλύπτουν το 10% όλων των γνωστών αλληλουχιών DNA, RNA και πρωτεϊνών, καμαρώνουν οι δημιουργοί του στο Ομοσπονδιακό Τεχνολογικό Ινστιτούτο της Ζυρίχης (ETH Zürich).

Η μελέτη τους δεν έχει υποβληθεί ακόμα σε ανεξάρτητο έλεγχο και παρουσιάζεται ως προδημοσίευση στο αποθετήριο bioRxiv.

H ανάγκη για τέτοια εργαλεία γίνεται όλο και πιο πιεστική καθώς ο όγκος της αποθηκευμένης γενετικής πληροφορίας μεγαλώνει.

Η βάση δεδομένων SRA των αμερικανικών Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας περιέχει σήμερα 50 χιλιάδες τρισεκατομμύρια ζεύγη βάσεων (50 petabase) από τον ανθρώπινο οργανισμό και χιλιάδες άλλα είδη ζώων, φυτών και μικροοργανισμών.

Τα σημερινά εργαλεία βιοπληροφορικής συχνά δεν μπορούν να διαχειριστούν αυτούς τους ωκεανούς δεδομένων και οι ερευνητές αναγκάζονται να περιορίζουν τις αναζητήσεις σε υποσύνολα αλληλουχιών.

Το Metagraph θα μπορούσε να δώσει λύση, καθώς οργανώνει τα γενετικά δεδομένα σε μια μαθηματική δομή που καταλαμβάνει πολύ λιγότερο αποθηκευτικό χώρο.

Η νέα βερσιόν του λογισμικού κάλυψε 5 petabase από το SRA και άλλες βάσεις δεδομένων και δημιούργησε ευρετήρια μέγιστου μεγέθους 10 gigabyte, αρκετά μικρά για να χωρούν σε έναν φορητό υπολογιστή.

Οι ερευνητές ελπίζουν τώρα να εξασφαλίσουν χρηματοδότηση για μια διαδικτυακή βερσιόν της μηχανής αναζήτησης.

Σε εξέλιξη βρίσκονται στο μεταξύ και άλλες παρόμοιες προσπάθειες. Τα αμερικανικά Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας υλοποιούν δικό τους πρόγραμμα, ενώ το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Έρευνας ενέκρινε πέρυσι κονδύλι 2 εκατ. ευρώ για την ανάπτυξη εργαλείου που θα καλύπτει όλα τα δεδομένα της βάσης SRA.

Must in

Ξέσπασε ο Σφαιρόπουλος: «Αν δεν είμαι καλός θα φύγω»

Ο Γιάννης Σφαιρόπουλος απασφάλισε στις δηλώσεις του μετά τη νίκη του Ερυθρού Αστέρα επί της Μακάμπι Τελ Αβίβ, για τη Euroleague.

Ακολουθήστε το in.gr στο Google News και μάθετε πρώτοι όλες τις ειδήσεις

in.gr | Ταυτότητα

Διαχειριστής - Διευθυντής: Λευτέρης Θ. Χαραλαμπόπουλος

Διευθύντρια Σύνταξης: Αργυρώ Τσατσούλη

Ιδιοκτησία - Δικαιούχος domain name: ALTER EGO MEDIA A.E.

Νόμιμος Εκπρόσωπος: Ιωάννης Βρέντζος

Έδρα - Γραφεία: Λεωφόρος Συγγρού αρ 340, Καλλιθέα, ΤΚ 17673

ΑΦΜ: 800745939, ΔΟΥ: ΦΑΕ ΠΕΙΡΑΙΑ

Ηλεκτρονική διεύθυνση Επικοινωνίας: in@alteregomedia.org, Τηλ. Επικοινωνίας: 2107547007

ΜΗΤ Αριθμός Πιστοποίησης Μ.Η.Τ.232442

Σάββατο 21 Δεκεμβρίου 2024
Απόρρητο